Windows´un, Linux gibi açık kodlu bir sistem olmaması, bu nedenle çok sayıda kullanıcının devreye girip, yazılımı geliştirmesine, açıklarını kapatmasına izin vermemesi.
Internet uygulamaları ya da veritabanı sunuculuğu gibi veri alışverişinin yoğun hacimli olduğu işlerde yavaş kalabilmesi.
Kilitlenme problemi ve zaman zaman yeniden yükleme zorunda kalınması.
Kimi durumlarda, diğer bazı işletim sistemlerine göre bilgisayar hafızası ve diğer kaynakları verimsiz kullanabilmesi.
Virüsler, bilgisayar korsanları ve Internet üzerinden gelebilecek çok sayıda hatalı programa karşı güvenlik açıkları barındıran korumasız bir sistem olması.